V historických zápisoch okresu Trnava sa píše, že obec Naháč (1426 Nahaacz) patrila striedavo panstvu Dobrá Voda a Smolenice. Z prvej historickej zmienky, spisu Visitácio Babtianiana parochie z roku 1782 sa dozvedáme, že kostol a fara boli postavené v roku 1594. Obyvatelia boli katolíci. 88 rokov po prvej písomnej zmienke o obci sa v nej usadili obyvatelia chorvátskej národnosti, ktorí v 16. storočí, v strachu pred ukrutnosťami Turkov našli útočište v horách Malých Karpát a usadili sa v obciach pod týmto pohorím. Preto je v obci Naháč viac ako polovica priezvísk chorvátskeho pôvodu, končiace koncovkou -ač, -ič, -ičič, -ovič. V spomínanom latinskom spise sa tiež uvádza, že okolie obce je lesnaté. Obyvatelia sa vo väčšej miere živili rúbaním a vyvážaním dreva. Žilo tu 350 duší. V roku 1618 gróf Krištof Erdödy po údajných zjaveniach sv. Kataríny, dal postaviť kláštor a kostol v horách nad obcou, ktorý je dodnes dominantou okolia. V kláštore bývalo až 50 františkánskych rehoľníkov. Viac ako 150 rokov trval tento stánok katolicizmu až napokon v roku 1786 z nariadenia cisára Jozefa II. bol zrušený. Dnes len časť holých múrov. kostolnej lode, veže a kláštora pripomína zašlú slávu Katarínky.
Oživenie histórie Naháča priniesol až príchod osvietenca, národného buditeľa a jedného z prvých slovenských spisovateľov Juraja Fándlyho v roku 1780. Ako farár tu pôsobil od 26. septembra 1780 do 13. januára 1807. Pri príležitosti 240. výročia jeho narodenia 21. októbra 1990 bola budova fary adaptovaná na muzeálnu expozíciu. Za uplynulých 16 rokov tento kultúrny stánok navštívilo niekoľko desiatok tisíc žiakov základných, stredných i vysokých škôl, stovky hostí zo zahraničia, novinárov, publicistov, členov rozličných spolkov a združení i rodinných návštev z celého okolia.